1. Aasmets, O., Krigul, K. L., Lüll, K., Org, E. 2021. Gut metagenome associations with extensive digital health data in a volunteer-based Estonian microbiome cohort. Nature Communications, 18(869), 
doi: 10.1038/s41467-022-28464-9

2. Aasmets, O., Krigul, K. L., Org, E. 2022. Evaluating the clinical relevance of the enterotypes in the Estonian Microbiome cohort. Frontiers in Genetics, Aug 17; 13:917926, doi: 10.3389/fgene.2022.917926 

3. Aasmets, O., Lüll, K., Lang, J. M., Pan, C., Kuusisto, J., Fischer, K., Laakso, M., Lusis, A. J., Org, E. 2021. Machine learning reveals time-varying microbial predictors with complex effects on glucose regulation. mSystems, 
doi: 10.1128/mSystems.01191-20

4. Gilbert, J. A., Azad, M. B., Bäckhed, F., Blaser, M. J., Byndloss, M., Chiu, C. Y., Chu, H., Dugas, L. R., Elinav, E., Gibbons, S. M., Gilbert, K. E., Henn, M. R., Ishaq, S. L., Ley, R. E., Lynch, S. V., Segal, E., Spector, T. D., Strandwitz, P., Suez, J., Tropini, C., Whiteson, K., Knight, R. 2025. Clinical translation of microbiome research. Nature Medicine, Apr 11, 
doi: 10.1038/s41591-025-03615-9. Epub ahead of print. PMID: 40217076

5. Karwowska, Z., Aasmets, O. 2025. Estonian Biobank research team; Kosciolek T, Org E. Effects of data transformation and model selection on feature importance in microbiome classification data. Microbiome, 13(1): 2, 
doi: 10.1186/s40168-024-01996-6

6. Krigul, K. L. 2024. The gut microbiome at the interface of human health and disease. Tartu. (Dissertationes biologicae Universitatis Tartuensis; 439), 
https://hdl.handle.net/10062/102892

7. Krigul, K. L., Aasmets, O., Lüll, K., Org, T., Org, E. 2021. Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening. Scientific Reports, 11, 19603, 
doi: 10.1038/s41598-021-99046-w

8. Krigul, K. L., Feeney, R. H., Wongkuna, S., Aasmets, O., Holmberg, S. M., Andreson, R., Puértolas-Balint, F., Pantiukh, K., Sootak, L., Org, T., Tenson, T., Org E., Schroeder, B. O. 2024. A History of repeated antibiotics usage leads to microbiota-dependent mucus defects. Gut Microbes, 16(1), 
doi: 10.1080/19490976.2024.2377570 

9. Kurilshikov, A., Medina-Gomez, C., Bacigalupe, R., Radjabzadeh, D., Wang, J., Demirkan, A., Le Roy, C. I., Raygoza Garay, J. A., Finnicum, C. T., Liu, X., Zhernakova, D. V., Bonder, M. J., Hansen, T. H., Frost, F., Rühlemann, M. C., Turpin, W., Moon, J. Y., Kim, H. N., Lüll, K., Barkan, E., Shah, S. A., Fornage, M., Szopinska-Tokov, J., Wallen, Z. D., Borisevich, D., Agreus, L., Andreasson, A., Bang, C., Bedrani, L., Bell, J. T., Bisgaard, H., Boehnke, M., Boomsma, D. I., Burk, R. D., Claringbould, A., Croitoru, K., Davies, G. E., van Duijn, C. M., Duijts, L., Falony, G., Fu, J., van der Graaf, A., Hansen, T., Homuth, G., Hughes, D. A., Ijzerman, R. G., Jackson, M. A., Jaddoe, V. W. V., Joossens, M., Jørgensen, T., Keszthelyi, D., Knight, R., Laakso, M., Laudes, M., Launer, L. J., Lieb, W., Lusis, A. J., Masclee, A. A. M., Moll, H. A., Mujagic, Z., Qibin, Q., Rothschild, D., Shin, H., Sørensen, S. J., Steves, C. J., Thorsen, J., Timpson, N. J., Tito, R. Y., Vieira-Silva, S., Völker, U., Völzke, H., Võsa, U., Wade, K. H., Walter, S., Watanabe, K., Weiss, S., Weiss, F. U., Weissbrod, O., Westra, H. J., Willemsen, G., Payami, H., Jonkers, D. M. A. E., Arias Vasquez, A., de Geus, E. J. C., Meyer, K. A., Stokholm, J., Segal, E., Org, E., Wijmenga, C., Kim, H. L., Kaplan, R. C., Spector, T. D., Uitterlinden, A. G., Rivadeneira, F., Franke, A., Lerch, M. M., Franke, L., Sanna, S., D’Amato, M., Pedersen, O. 2021. A Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition. Nature Genetics, 53(2), 156–165, 
doi: 10.1038/s41588-020-00763-1

10. Laakso, M., Kuusisto, J., Stančáková, A., Kuulasmaa, T., Pajukanta, P., Lusis, A. J., Collins, F. S., Mohlke, K. L., Boehnke, M. 2017. The Metabolic Syndrome in Men study: a resource for studies of metabolic and cardiovascular diseases. Journal of Lipid Research, 58(3):481–493, 
doi: 10.1194/jlr.O072629

11. Lüll, K., Arffman, R. K., Sola-Leyva, A., Molina, N. M., Aasmets, O., Herzig, K-H., Plaza-Díaz, J., Franks, S., Morin-Papunen, L., Tapanainen, J. S., Salumets, A., Altmäe, S., Piltonen, T. T., Org, E. 2021. The gut microbiome in polycystic ovary syndrome and its associations with metabolic traits. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 106(3), 858–871, 
doi: 10.1210/clin

12. Nishijima, S., Stankevic, E., Aasmets, O., Schmidt, T. S. B., Nagata, N., Keller, M. I., Ferretti, P., Juel, H. B., Fullam, A., Robbani, S. M., Schudoma, C., Hansen, J. K., Holm, L. A., Israelsen, M., Schierwagen, R., Torp, N., Telzerow, A., Hercog, R., Kandels, S., Hazenbrink, D. H. M., Arumugam, M., Bendtsen, F., Brøns, C., Fonvig, C. E., Holm, J-C., Nielsen, T., Pedersen, J. S., Thiele, M. S., Trebicka, J., Org, E., Krag, A., Hansen, T., Kuhn, M., Bork, P., GALAXY and MicrobLiver Consortia. 2024. Fecal microbial load is a major determinant of gut microbiome variation and a confounder for disease association. Cell, 188(1), 222–236.e15, 
doi: 10.1016/j.cell.2024.10.022

13. Pérez-Prieto, I., Vargas, E., Salas-Espejo, E., Lüll, K., Canha-Gouveia, A., Pérez, L. A., Fontes, J., Salumets, A., Andreson, R., Aasmets, O., Estonian Biobank research team, Whiteson, K., Org, E., Altmäe, S. 2024. Gut microbiome in endometriosis: a chort study on 1000 individuals. BMC medicine, 22(1), 294, 
doi: 10.1186/s12916-024-03503-y

14. Porcari, S., Mullish, B. H., Asnicar, F., Ng, S. C., Zhao, L., Hansen, R., O’Toole, P. W., Raes, J., Hold, G., Putignani, L., Hvas, C. L., Zeller, G., Koren, O., Tun, H., Valles-Colomer, M., Collado, M. C., Fischer, M., Allegretti, J., Iqbal, T., Chassaing, B., Keller, J., Baunwall, S. M., Abreu, M., Barbara, G., Zhang, F., Ponziani, F. R., Costello, S. P., Paramsothy, S., Kao, D., Kelly, C., Kupcinskas, J., Youngster, I., Franceschi, F., Khanna, S., Vehreschild, M., Link, A., De Maio, F., Pasolli, E., Miguez, A. B., Brigidi, P., Posteraro, B., Scaldaferri, F., Stojanovic, M. R., Megraud, F., Malfertheiner, P., Masucci, L., Arumugam, M., Kaakoush, N., Segal, E., Bajaj, J., Leong, R., Cryan, J., Weersma, R. K., Knight, R., Guarner, F., Shanahan, F., Cani, P. D., Elinav, E., Sanguinetti, M., de Vos, W. M., El-Omar, E., Dorè, J., Marchesi, J., Tilg, H., Sokol, H., Segata, N., Cammarota, G., Gasbarrini, A., Ianiro, G. 2025. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. The Lancet Gastroenterology & Hepatology, 10(2):154–167, 
doi: 10.1016/S2468-1253(24)00311-X

15. Ruuskanen, M. O., Erawijantari, P. P., Havulinna, A. S., Liu, Y., Méric, G., Tuomilehto, J., Inouye, M., Jousilahti, P., Salomaa, V., Jain, M., Knight, R., Lahti, L., Niiranen, T. J. 2022. Gut Microbiome Composition Is Predictive of Incident Type 2 Diabetes in a Population Cohort of 5,572 Finnish Adults. Diabetes Care, 45(4):811–818, 
doi: 10.2337/dc21-2358

16. Sung, H., Ferlay, J., Siegel, R. L., Laversanne, M., Soerjomataram, I., Jemal, A., Bray, F. 2021. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA: A Cancer Journal for Clinicians, 71(3):209–249, 
doi: 10.3322/caac.21660

17. Zeevi, D., Korem, T., Zmora, N., Israeli, D., Rothschild, D., Weinberger, A., Ben-Yacov, O., Lador, D., Avnit-Sagi, T., Lotan-Pompan, M., Suez, J., Mahdi, J. A., Matot, E., Malka, G., Kosower, N., Rein, M., Zilberman-Schapira, G., Dohnalová, L., Pevsner-Fischer, M., Bikovsky, R., Halpern, Z., Elinav, E., Segal, E. 2015. Personalized Nutrition by Prediction of Glycemic Responses. Cell, 163(5):1079–1094, 
doi: 10.1016/j.cell.2015.11.001

18. Zimmermann, M., Patil, K. R., Typas, A., Maier, L. 2021. Towards a mechanistic understanding of reciprocal drug-microbiome interactions. Molecular Systems Biology, 17(3):e10116, 
doi: 10.15252/msb.202010116

19. Taba, N., Fischer, K., Estonian Biobank Research Team, Org, E., Aasmets, O. 2025. A novel framework for assessing causal effect of microbiome on health: long-term antibiotic usage as an instrument. Gut Microbes, 17(1):2453616, 
doi: 10.1080/19490976.2025.2453616

20. White, M. T., Sears, C. L. 2024. The microbial landscape of colorectal cancer. Nature Reviews Microbiology, 22(4):240–254, 
doi: 10.1038/s41579-023-00973-4

21. Xi, Y., Xu, P. 2021. Global colorectal cancer burden in 2020 and projections to 2040. Translation Oncology. Oct;14(10):101174, 
doi: 10.1016/j.tranon.2021.101174